Negara itu menargetkan bergabung dengan blok tersebut pada 2028.
Penerima lain yang tidak hadir termasuk Presiden Ukraina Volodymyr Zelensky dan grup rock Irlandia U2.
Merkel adalah salah satu dari 20 penerima penghargaan European Order of Merit yang baru dibentuk.
Penghargaan ini diberikan pada Maret untuk mengakui kontribusi signifikan terhadap integrasi Eropa, persatuan, demokrasi, dan nilai-nilai.
Sebanyak 13 penerima hadir dalam upacara penghargaan di Strasbourg, termasuk mantan pemimpin Polandia Lech Walesa dan Presiden Moldova Maia Sandu.
Pidato Sandu sempat diinterupsi oleh seorang pengunjung yang berteriak "diktator" dari galeri pengunjung, namun ia mendapat tepuk tangan meriah sebagai dukungan.
"Penghargaan ini milik rakyat Moldova," kata Sandu. "Memilih Eropa lagi dan lagi di tengah ancaman dan pemerasan Rusia — itulah jasa."
Ia meminta Uni Eropa dan negara anggotanya untuk menghargai jasa tersebut dan mendorong Moldova maju dalam perjalanan Eropanya.
>>> Iran Sebut Proposal Damai Mencakup Reparasi dan Penarikan Pasukan AS
Negara itu menargetkan bergabung dengan blok tersebut pada 2028. Penerima lain yang tidak hadir termasuk Presiden Ukraina Volodymyr Zelensky dan grup rock Irlandia U2.