Seorang pejabat senior pemerintah Yaman mengatakan pasukannya akan kembali ke pesisir Laut Merah dan melawan balik.
Warga yang melarikan diri dari kemajuan Houthi kepada The Associated Press mengaku melihat pasukan mundur dan mendesak orang-orang untuk berlari.
Sultan al-Arada, anggota dewan kepemimpinan presiden yang berkuasa, menyebut runtuhnya pasukan pemerintah di Kota Pelabuhan Mokha dan tempat lain di pesisir barat Yaman sebagai "menyakitkan dan patut disesalkan".
Dalam wawancara televisi yang disiarkan Sabtu malam, ia mengatakan pasukan "saat ini sedang berkonsolidasi dan akan kembali ke pertempuran".
Pada Minggu, Rashad al-Alimi, yang memimpin dewan presiden, berusaha meremehkan kekalahan itu sebagai "insidental".
Pernyataan itu dikutip kantor berita negara SABA.
Ia menegaskan pemerintah "akan tetap jelas dan teguh pada tujuan memulihkan institusi negara dan merebut kembali kedaulatan atas seluruh wilayah nasional".
Pada Minggu, militer Yaman mengatakan melancarkan serangan udara ke posisi Houthi di Mokha, kota pesisir Dhubab, dan tempat lain di Provinsi Taiz.
Pemberontak melaporkan serangan pasukan yang didukung Arab Saudi di Provinsi Taiz dan penembakan artileri di Provinsi Saada, benteng Houthi di perbatasan utara Yaman dengan Arab Saudi.
Kemajuan Houthi menempatkan mereka hanya 20 mil (32 kilometer) dari pangkalan militer Amerika Serikat di Djibouti, di seberang Selat Bab el-Mandeb.
Pangkalan itu merupakan basis utama AS di Afrika dan salah satu dari beberapa pangkalan militer asing di Djibouti, termasuk milik China, Prancis, dan Jepang.
Negara kecil di Tanduk Afrika itu sudah melihat kedatangan pengungsi Yaman yang menyeberangi perairan berbahaya.
Lebih dari 2.000 warga Yaman telah mencapai Djibouti, kata Organisasi Internasional untuk Migrasi pada Minggu.
Menteri Ekonomi dan Keuangan Djibouti, Ilyas M.